Dijelaskan dalam buku Pola Penyelenggaraan Pesantren Kilat, dalam tradisi pondok pesantren dikenal beberapa metode pengajaran, antara lain;
1. Bandongan atau Wetonan
Bandongan atau biasa disebut metode wetonan adalah cara penyampaian kitab kuning di mana seorang guru, kiai atau ustadz membacakan dan menjelaskan isi kitab kuning. Sementara santri, murid atau siswa mendengarkan, memberi makna dan menerima wejangan. Dalam metode ini, guru berperan aktif, sementara murid bersifat pasif. Metode bandongan atau weton dapat bermanfaat ketika jumlah murid cukup besar dan waktu yang tersedia relatif sedikit, sementara materi yang disampaikan cukup banyak.12) Sedangkan E. Shobirin Nadj, dalam artikelnya Perspektif Kepemimpinan dan Manajemen Pesantren, menjelaskan bahwa yang dimaksud dengan bandongan adalah mengikuti dan memperhatikan. Proses pengajaran kiai membacakan kata-perkata atau kalimat-perkalimat dan menerjemahkan kemudian diterangkan arti maksudnya lebih jauh kepada para santri/murid.13)
2. Sorogan
Sorogan adalah metode belajar yang berbeda dengan metode bandongan. Dalam metode sorogan, murid membaca kitab kuning dan memberi makna, sementara guru mendengarkan sambil memberi catatan, komentar atau bimbingan bila diperlukan. Akan tetapi dalam metode ini, dialog antara guru dengan murid belum atau tidak terjadi. Metode ini tepat bila diberikan kepada murid-murid seusia ibtidaiyah/dasar dan tsanawiyyah/menengah.14) E. Shobirin Nadj mengatakan, bahwa sorogan berasal dari kata sorog yang berarti mengajukan. Tata caranya adalah seorang santri menyodorkan sebuah kitab di hadapan kiai atau pembantu kiai, kemudian kiai memberikan tuntunan bagaimana cara membacanya dan menghafalkannya.15)
3. Hafalan
Hafalan adalah sebuah metode pembelajaran yang mengharuskan murid mampu menghafal naskah atau syair-syair dengan tanpa melihat teks yang disaksikan oleh guru. Metode ini cukup relevan untuk diberikan kepada murid-murid usia anak-anak, tingkat dasar dan tingkat menengah.16) Karena menghafal sama dengan mengajak otak agar tetap bekerja. Jika diibaratkan pisau agar tidak cepat tumpul, maka harus sering diasah. Begitupun dengan otak manusia. Agar tidak mudah hilang hafalannya juga harus sering diasah.
4. Diskusi (Muna>d}arah)
Metode ini sebagai penyajian bahan pelajaran dengan cara murid atau santri membahasnya bersama-sama melalui tukar pendapat tentang suatu topik atau masalah tertentu yang ada dalam kitab kuning atau pelajaran lainnya. Dalam metode ini, kiai atau guru bertindak sebagai moderator karena metode diskusi bertujuan agar murid atau santri aktif dalam belajar. Melalui diskusi ini, akan tumbuh dan berkembang pemikiran-pemikiran kritis, analitis dan logis.17)
